Soul Destroyers são o inimigo mais perigoso, sem dúvida dentro Darwinia. Essas monstruosidades voadoras se parecem muito com um Centopéia, exceto várias vezes o tamanho e muito mais ameaçador. Esses tipos de vírus são os mais raros vistos, depois de Triffids, mas são os mais difíceis de derrubar. Essas criaturas semelhantes a dragões voam pelo ar, curvando-se sobre uma determinada porção de terra da qual não se desviam, exceto para atacar e depois retornar para a destruição do alvo.
A ameaça mais potente que os Soul Destroyers representam que nenhum outro inimigo pode igualar em Darwinia, é quando eles matam um Darwiniano, nenhuma alma fica para trás, pois o espírito digital que habitava o corpo é vencido junto com a forma física, evitando a reencarnação. Este efeito causa uma grande perturbação dentro da comunidade darwiniana sobrevivente, pois eles nunca conheceram verdadeiramente a morte antes, pois sempre reencarnam de outra forma. Isso é visto no jogo por “fantasmas” brancos em forma de Darwinianos que aparecem brevemente onde alguém caiu diante de um destruidor de almas.
Devido à natureza rápida do Soul Destroyer e suas capacidades de vôo, é incrivelmente difícil derrubar com seu lasers ou armas secundárias. O método mais eficaz é o armaduras torre, que pode ser operada por darwinianos ou controlada por você mesmo, para atirar no destruidor de almas diretamente enquanto ele voa pelo ar, em vez de esperar até que ele caia em direção ao solo e esperar que você o pegue em uma onda de choque. O último ponto a ser notado, é que embora tenha a mesma forma segmentada do Centipede, o Soul Destroyer existe e morre como uma única entidade, então ele não se dividirá por segmentos de ataque.