Los Destructores de Almas son el enemigo más peligroso sin lugar a dudas dentro Darwinia. Estas monstruosidades voladoras se parecen mucho a un Ciempiés, excepto varias veces el tamaño y un aspecto mucho más amenazador. Estos tipos de virus son los más raros que se han visto, superados por Trífidos, pero son los más difíciles de derribar. Estas criaturas parecidas a dragones vuelan por el aire, curvándose sobre una porción determinada de tierra de la que no se desvían, excepto para atacar y luego regresar a la destrucción del objetivo.
La amenaza más poderosa que plantean los Destructores de Almas que ningún otro enemigo puede igualar Darwinia, es que cuando matan a un darviniano, ninguna alma se queda atrás, ya que el espíritu digital que habitaba el cuerpo es vencido junto con la forma física, impidiendo la reencarnación. Este efecto causa una gran perturbación dentro de la comunidad darwiniana sobreviviente, ya que nunca antes habían conocido realmente la muerte, ya que siempre se reencarnan de otra manera. Esto se ve en el juego por "fantasmas" blancos con forma de darwinianos que aparecen brevemente donde uno ha caído ante un Soul Destroyer.
Debido a la naturaleza rápida del Soul Destroyer y sus capacidades de vuelo, es increíblemente difícil de derribar con tu láseres o armas secundarias. El método más eficaz es el Armadura torreta, que puede ser tripulada por darwinianos o controlada por usted mismo si está tripulado, para disparar al Destructor de Almas directamente mientras vuela por el aire, en lugar de esperar hasta que caiga hacia el suelo y esperar que lo atrape en una ola explosiva. El último punto a tener en cuenta es que aunque tiene la misma forma segmentada del Ciempiés, el Destructor de Almas existe y muere como una sola entidad, por lo que no se dividirá atacando segmentos.
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