Les destructeurs d'âmes sont sans aucun doute l'ennemi le plus dangereux à l'intérieur Darwinia. Ces monstruosités volantes ressemblent beaucoup à un Mille-Pattes, sauf plusieurs fois la taille et un look beaucoup plus menaçant. Ces types de virus sont le type le plus rare vu, après Triffides, mais ce sont les plus difficiles à éliminer. Ces créatures ressemblant à des dragons volent dans les airs, s'enroulant sur une portion de terre donnée dont elles ne s'éloignent pas, sauf pour attaquer puis revenir sur la destruction des cibles.
La menace la plus puissante des Soul Destroyers qu'aucun autre ennemi ne peut égaler Darwinia, est-ce que quand ils tuent un darwinien, aucune âme n'est laissée pour compte, car l'esprit numérique qui habitait le corps est vaincu avec la forme physique, empêchant la réincarnation. Cet effet provoque une grande perturbation au sein de la communauté darwinienne survivante, car ils n'ont jamais vraiment connu la mort auparavant, car ils se réincarnent toujours autrement. Ceci est vu dans le jeu par des «fantômes» blancs en forme de Darwiniens qui apparaissent brièvement là où on est tombé face à un Soul Destroyer.
En raison de la nature rapide du Soul Destroyer et de ses capacités de vol, il est incroyablement difficile à abattre avec votre lasers ou armes secondaires. La méthode la plus efficace est la Armure tourelle, qui peut être pilotée par des Darwiniens ou contrôlée par vous-même si elle est habitée, pour tirer directement sur le Soul Destroyer alors qu'il vole dans les airs, au lieu d'attendre qu'il plonge vers le sol et d'espérer que vous l'attrapez dans une onde de souffle. Le dernier point à noter, c'est que bien qu'il ait la même forme segmentée que le Centipede, le Soul Destroyer existe et meurt en tant qu'entité unique, donc il ne se divisera pas en attaquant des segments.
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