Ces petites créatures pixélisées vertes sont la figure centrale du scénario du jeu. Ce sont les habitants naturels du monde numérique qui existe sous le nom de Darwin Simulated Life Research Project. Celles-ci ne sont pas directement contrôlables et doivent être influencées par l'agent.
Cette unité est créée en exécutant le programme Ingénieur à proximité d'une de vos escouades ou de tours de contrôle capturées. L'ingénieur est utilisé pour collecter des âmes pour engendrer plus de Darwiniens, reprogrammer et capturer des bâtiments et enfin pour télécharger des données de recherche.
Véhicules utilisés comme transports de troupes blindés et tourelles déployables à l'usage des Darwiniens. Disponible pour la première fois au niveau de la cour. Outil incroyablement utile pour permettre aux Darwiniens de vaincre les ennemis les plus puissants du jeu. Peut être repris et utilisé contre vous par les darwiniens rouges.
Cette unité peut être créée en exécutant le programme Officier sur l'un des darwiniens verts d'un niveau. L'officier est utilisé pour donner des ordres aux Darwiniens, que vous ne pouvez pas contrôler directement vous-même.
C'est l'unité que vous contrôlerez le plus, en particulier dans la moitié de début de la partie. Il s'agit de votre programme créé pour combattre directement la menace virale, équipé au départ du laser, mais pouvant ensuite utiliser diverses armes secondaires.